El desafío es desarrollar y construir una nueva clase de productos de software para facilitar el trabajo, cuyos principios generales ya los había expuesto en su tesis de grado. En 1983 fundó Action Technologies Inc. con este propósito.
El primer producto de este esfuerzo fue el software "El Coordinador", que fue dos veces reconocido en artículos del Fortune Magazine y, frecuentemente, señalado como el primer "Groupware" para microcomputadores.
"El Coordinador" abrió un nuevo espacio para el diseño de herramientas de gestión y ha sido reconocido, en variadas publicaciones, como una innovación radical. Su principal característica es que trae a la mano la posibilidad de articular y coordinar las conversaciones de una organización, permitiéndole a su usuario observar, en todo momento, el estado de cumplimiento de los compromisos contratados con los miembros de una o varias organizaciones o redes de negocios, con quienes realiza su trabajo.
Desde su lanzamiento inicial, en 1985, se han instalado más de 350.000 licencias del producto que, hoy en día, se produce en inglés, español, italiano, alemán, sueco y francés.
El software Message Handling System (MHS), otro producto de Action Technologies, ha sido instalado en más de un millón de microcomputadores en diversos países. El MHS es una plataforma que permite que aplicaciones de software, ubicadas en diferentes lugares geográficos, trabajen juntas a través de una simple línea telefónica o de otro tipo de red.
Más de 500 empresas desarrolladoras de software incorporan en sus diseños el MHS como plataforma de comunicaciones.
El tercer producto de este tipo ha sido denominado "Business Design Technologies". Este es un tipo de software que representa una innovación radical. Permite especificar las características claves de los procesos conversacionales de una empresa con rediseños flexibles, como también atomizar parte de ellos, construyendo generadores automáticos de acción. Importantes compañías del ámbito de la informática y la computación son clientes de las tecnologías originalmente creadas por Flores.
Algunas de ellas son IBM Corporation, Lotus Development Corporation, Novell, y Ashton Tate Corporation, entre otras.
Sumado a lo anterior, Fernando Flores ha fundado una nueva disciplina para el diseño de organizaciones conocida con el nombre de Business Process Design.
Ha efectuado intervenciones de Consultoría y Diseño en múltiples compañías e instituciones norteamericanas, europeas y latinoamericanas, tales como Internacional Business Machine (IBM), Cementos Mexicanos (Cemex), Cydsa, Bancomer y Banca Serfin (México), Banco de Irlanda, ABB (Alemania), Codelco (Chile), Compañía de Telecomunicaciones (CTC), Banco de Crédito e Inversiones (BCI) y Sodimac (Chile).
También ha tenido como clientes a Combustión Engineering, Nutrasweet, Eli Lily & Co, ENI (Italia) al Centro Mundial de Desarrollo de Recursos Humanos de Francia, y al Presidente francés, Francois Mitterrand, en materias informáticas. Además del holding mexicano Condumex y al Gobierno Mexicano.
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